O Guarani FC foi um dos pioneiros do futebol feminino no Brasil. Em 08/01/1983, quando o Conselho Nacional de Desportos (CND) liberou a prática desse esporte para as mulheres, o Bugre Campineiro já organizava torneios internos de futsal feminino para suas associadas e logo estruturou uma equipe competitiva para o futebol de campo. O time feminino do Guarani participou dos primeiros torneios organizados no interior, sagrando-se - em dezembro de 83 - o campeão do 1º Campeonato Campineiro de Futebol Feminino da história, organizado pela Liga Campineira de Futebol. Tornou-se, a seguir, Vice-Campeão do Interior, superado apenas pelo XV de Piracicaba. Ao final de 1984, mesmo já com vários outros títulos no Curriculum, a equipe de competição feminina foi extinta, permanecendo apenas os torneios internos para associadas.

Várias tentativas de reorganização de uma equipe feminina de competição no Guarani não surtiram o efeito desejado, até que em março de 1991 iniciou-se um trabalho pioneiro, visando desenvolver equipes de base, algo ainda inexistente no Brasil. Essa iniciativa era considerada imprescindível para a difusão dessa modalidade entre as meninas, buscando, a longo prazo, a massificação desse esporte na região. Alguns meses depois, a equipe "juvenil" bugrina, que já alcançava sucesso e bom espaço até na mídia da capital paulista, acabou transferindo-se para o Saad EC. Os dirigentes e atletas oriundos do Guarani, enquanto permaneceram naquele clube, continuaram na dianteira, divulgando sua equipe e tendo papel importante para a propagação definitiva da modalidade. Para isso, muito contribuíram na organização de inéditas competições subdivididas por faixas etárias. As Ligas Campineiras de Futsal e de Futebol, com o apoio do Panathlon Clube de Campinas, oficializaram os primeiros campeonatos para menores do sexo feminino de todo o país, e logo foram seguidas pela Federação Paulista de Futsal e por outras entidades da capital paulista.

Em junho de 1995, a Comissão Técnica que organizara a equipe bugrina em 1991 voltou ao Guarani F.C., acompanhada de 14 garotas que também haviam deixado o Saad. Iniciava-se uma nova fase para o futebol feminino do Guarani. Em poucos meses a hegemonia desse esporte, a nível regional, foi reconquistada e as garotas do Bugre foram aos poucos registrando seu nome na história do futebol feminino campineiro, paulista e até brasileiro. A prioridade foi dada às categorias menores e sua divulgação, mas os resultados logo surpreenderam, habilitando o grupo para ingressar em competições adultas.

No início foram constituídas equipes em três categorias para as disputas de Futsal: Mirim, Infantil e Juvenil. O mesmo grupo também atuava em duas categorias no futebol de campo: Infantil e Juvenil. E logo começaram a vir os títulos e os troféus. Passados doze anos e meio de retomada das atividades, as garotas do Bugre - nas diversas categorias e competições - já ultrapassaram a marca de 250 troféus.

Normalmente o grupo de atletas femininas do Guarani é composto por cerca de 45 garotas, com idade entre 12 e 19 anos. É possível atuarem até três categorias no futebol de campo: Sub-20 (que normalmente enfrenta também equipes adultas), Sub-17 e Sub-15. Quando disputam competições de futsal, as meninas chegam a ser divididas em até cinco categorias: Sub-13, Sub-15, Sub-17, Sub-20 e Principal. O grupo também participa eventualmente de competições de Futebol Society.

Muitos títulos considerados importantes e históricos foram conquistados no futebol de campo, tais como: Tricampeão do Campeonato Estadual Dente-de-Leite (Sub-15) da Secretaria de Estado de Esportes e Turismo (SET) - 96/97/98; Campeão Estadual Sub-18 (SET) - 1996; Bicampeão da Liga Regional - 1998 e 2000; Bicampeão Inter-Regional - 1999/2000 (Cat. Adulto, mas com juvenis); Tetra-Campeão dos Jogos Regionais - Idade Livre (2000, 2003, 2004 e 2005); Campeão Nacional dos Jogos da Esperança (Sub-14), em 2000; Campeão Estadual Sub-17 (FPFA/SEJEL), em 2004, Campeão Estadual Sub-18 (FPFA/SEJEL), em 2005, e Campeão Estadual Sub-15 (FPFA/SEJEL), em 2005, entre muitos outros.

No Futsal, as equipes bugrinas mantêm o maior índice de conquistas na história da Liga Campineira de Futsal. Na Federação Paulista de Futebol de Salão já foram conquistados títulos estaduais em todas as categorias de base, do Mirim ao Juvenil, o mesmo acontecendo no "Troféu Piratininga" (ao todo, 27 títulos). Representando Campinas, as bugrinas sagraram-se bicampeãs dos Jogos Abertos da Juventude - Sub-18 em 2006/2007 e bicampeãs dos Jogos Regionais em 2008/2009. Já a categoria Sub-15, em sua segunda participação na "Taça Brasil de Futsal", organizada pela CBFS, conseguiu, em 2007, seu título máximo: Campeã Brasileira.

A disciplina, a graça e a técnica da equipe feminina do Bugre acabaram se tornando um exemplo seguido declaradamente por vários outros clubes. O comportamento extra-campo do grupo e a capacidade técnica individual de várias garotas acabaram chamando a atenção de instituições de ensino norte-americanas, que hoje encontram no Guarani atletas com capacidade para reforçar suas equipes e, assim, acabou surgindo uma oportunidade de ouro para que elas pudessem desenvolver seus estudos através das bolsas internacionais oferecidas. Nos últimos 10 anos, nada menos que 20 atletas bugrinas partiram para os EUA com bolsas de estudo. Muitas já concluíram até Mestrados, ingressando com sucesso no mercado de trabalho. É o esporte colaborando para a formação completa do ser humano e o Guarani cumprindo seu papel perante a comunidade campineira.